Địa chỉ sử dụng của công cụ Yahoo! Site Explorer là https://siteexplorer.search.yahoo.com . Sau khi vào trong trang web, bạn hãy nhấn chuột lên liên kết Sign In rồi đăng nhập vào với tài khoản Yahoo! Mail. Nếu chưa có tài khoản Yahoo! Mail, bạn có thể đăng ký tại http://tinyurl.com/ycpl7eg .
Bây giờ, trong trang chính của Yahoo! Site Explorer, khung My Sites, hãy nhập địa chỉ trang web mà bạn quan tâm để biết toàn bộ nội dung. Chẳng hạn muốn biết nội dung của một blog Yahoo! Plus, bạn nhập địa chỉ rồi nhấn Add My Sites > Continue để xác nhận chọn lựa, mở thẻ My Sites trong khung bên trái. Dòng Site sẽ hiện ra danh sách các địa chỉ trang web mà bạn đã nhập vào trong Yahoo! Site Explorer.
Để biết toàn bộ nội dung của entry, post, bài viết, đề mục trong trang web ấy, bạn chỉ việc nhấn chọn Explore bên cạnh địa chỉ trang web. Sau đó, Yahoo! Site Explorer sẽ quét qua trang web để tìm các nội dung bên trong trang, thời gian quét lâu hay nhanh tùy theo độ rộng lớn của các nội dung bên trong trang web.
Một lưu ý khi sử dụng Yahoo! Site Explorer là bạn nên chờ một thời gian để Yahoo! Site Explorer quét qua trang web và phân tích nội dung bên trong, do đó mỗi lần nhấn chọn lên nút Explore bạn sẽ có được các kết quả quét khác nhau. Nếu một link nào đó trong kết quả phân tích có thêm nút Explore nghĩa là trong link ấy còn có thêm các nội dung khác và bạn chỉ việc nhấn nút Explore cho đến khi không còn link nào khác mở ra nữa là được.
Để hiển thị đầy đủ những kết quả, bạn nhấn chọn lên nút Inlinks. Một tính năng cực kỳ hay của Yahoo! Site Explorer là khả năng tìm tất cả thông tin liên quan đến trang web bạn đang xem ở những trang web khác. Chẳng hạn khi bạn định “mổ xẻ” trang web của công ty xe đua, Yahoo! Site Explorer còn cung cấp cho nhiều địa chỉ hữu ích về cách chọn xe mô tô 250cc, bảng giá đối chiếu các loại xe đua... Đây là những dịch vụ mà các công cụ tìm kiếm khác như Google hay Bing cũng không thể làm được. Nếu chỉ muốn xem riêng kết quả liên quan đến trang web, bạn chọn mục Except from this domain hoặc Except from this subdomain. Trong dòng To, bạn chọn Only this URL, link các trang liên quan sẽ hiện ra đầy đủ, còn chọn Entire Site thì các link sẽ được thu gọn lại.
Để nâng cao khả năng làm việc của chương trình, bạn mở thẻ Preferences, trong dòng Contact Email, chọn địa chỉ email đang sử dụng để Yahoo! Site Explorer thông báo khi trang web bạn “mổ xẻ” được cập nhật thông tin mới. Nếu muốn dùng địa chỉ email khác (không có trong danh sách), bạn nhấn nút Add New Email rồi làm theo hướng dẫn để nhập địa chỉ mới. Trong dòng Communication, bạn đánh chọn Notify me of all actions I perform on my authenticated websites để công cụ thông báo khi có thay đổi mới trong trang web. Trong dòng Display and Layout, bạn chọn là 100 để hiển thị tối đa lượng kết quả mà Yahoo! Site Explorer tìm được trong trang web ấy.
Trong trường hợp muốn xóa một link nào đó đã nhập vào Yahoo! Site Explorer, bạn hãy mở thẻ My Sites, nhấn chọn lên link của trang web ấy trong khung Site, nhấn nút Delete Site from My Sites, bấm OK để xóa trang web đó khỏi chế độ quét của Yahoo! Site Explorer. Để quét sơ qua một trang web nào đó, bạn có thể nhập link trang ấy vào khung tìm kiếm rồi nhấn nút Explore URL.